O IAC é uma das dez instituições fundadoras do Consórcio Pesquisa Café, que reúne instituições de pesquisa, ensino e extensão localizadas nas principais regiões produtoras do País com a coordenação da Embrapa Café. O Instituto Agronômico conta com um Programa de Café, atualmente coordenado pelo Centro de Café "Alcides Carvalho" e apoiado por outros Centros de Pesquisa do próprio IAC e também de outros institutos de pesquisa da Agência Paulista de Tecnologia dos Agronegócios (APTA).
As cultivares Mundo Novo e Catuaí, desenvolvidas e selecionadas pelo IAC, são carros-chefe da cafeicultura brasileira e representam cerca de 90% dos cafeeiros arábicas cultivados. Entre outras contribuições do IAC, destacam-se cultivares resistentes à ferrugem e trabalhos com a adubação do solo que viabilizaram o cultivo do café em solos deCerrado.
Além disso, realizaram estudos pioneiros em secagem, colheita mecanizada, fisiologia do cafeeiro, preparo do solo, arborização, armazenamento de sementes e grãos, orientações para a mitigação do efeito do aquecimento global, análises químicas do solo, folhas e sementes, fertilização química, enxertia, mecanização da colheita, taxonomia e evolução das cultivares e espécies de Coffea, qualidade do produto. Atualmente, focam-se também em genética e melhoramento genético.
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